1977年毕业于江西工业大学（该校已于1993年和江西大学合并为南昌大学）电机制造专业，高级经济师。

曾任中国海洋直升机公司常务副总经理、深圳机场集团公司总经理、党委书记、首都国际机场党委副书记、航站区扩建指挥部总指挥、中国航空总公司党委书记、总经理等职务。

2002年10月民航联合重组后任中航集团副总经理。

2004年8月任中航集团党组书记、副总经理。

2008年1月2日，代理行使董事长职务。

2008年4月1日，任中国航空集团公司总经理、党组副书记。

2008年，孔栋先生被选为第十一届全国政协委员。

2011年11月，孔栋不再担任中国航空集团公司总经理以及党组副书记的职务。不过中国国航股份公司董事长仍然由孔栋担任。